自动化立体仓库由于具有节约占地、提高储存效率、提高仓库管理及时性和准确性等诸多优点，因此得到越来越广泛地应用。好的自动化立体仓库系统一般都遵循以下几个原则：
第一，系统性原则。自动化立体仓库是一个完整的系统，设计时不仅要考虑到它自身的完整性，对立体仓库系统的平面布局、装卸工艺、设备选型、生产管理策略以及长远的发展进行统一考虑，还要将它作为供应链中的一个环节，考虑与其他物流环节的相互衔接和配合问题，对立体仓库系统中的或物流、信息流以及资金流进行综合分析，确定系统设计的大致框架。
第二，先进性原则。自动化立体仓库属于一次性投资较大的固定投资，风险较大，且改造费用不菲。因此，在自动化立体仓库的规划设计中，要结合企业的实际情况，有一定的前瞻性，尽量采用比较先进的物流设施设备。这样一方面可以减少更换就设备的经费，节约仓库的维护成本，另一方面仓库也能适应生产的发展，能满足将来需要的容量，具有一定的先进性。
第三，经济性原则。自动化立体仓库的设计在满足其主要功能的前提下，尽量减少投入成本，减少工程量，选用性价比较高的设备，减少不必要的项目开支。
第四，最优距离原则。尽量避免返回、侧绕和转向，减少设备和人员的冗余移动，保证最少的消耗能源，提高作业效率。
第五，设备协调原则。立体仓库系统中包含有许多设备，这就要求在设备选型中尽量老考虑设备之间的相互协调性以及匹配程度，并尽量保持统一的标准。因为设备的标准化可以提高立体仓库系统内部各环节对货物处理的衔接能力。
第六，高利用率原则。系统的自动化程度越高，其固定成本越高。减少仓储设备设施的闲置率。因此要追求最少故障时间和最大运行时间。
第七，最少人工处理原则。人工处理成本高，易出错，应尽量减少。
第八，安全性原则。设计的系统应能保护人、产品和设备不受损伤。在设计师必须考虑防撞、防掉落、和防火措施。保证工作环境良好，安全工程设施齐全能有效地保证人身安全。
第九，有效利用空间原则。由于自动化立体仓库需要大量土地、基础和各种设施，因此要充分利用空间，避免浪费。
在具体特定的场合下，以上原则有些可能是互相影响的，甚至互相制约的。自动化立体仓库为了做出最好的设计，设计人员必须具有扎实的理论基础、丰富的实际经验和对买方要求的深入了解，并做出取舍，对相关的原则进行修正和补充。"
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